Salma Zidane (HIAM ABBASS), una viuda de 45 años residente en un pequeño pueblo palestino de Cisjordania, declara la guerra al ministro de Defensa israelí (DORON TAVORY), que se ha hecho edificar una casa en la línea verde que divide Israel de los territorios ocupados, y que bordea el campo de limoneros de Salma. El ejército israelí no tarda en declarar que los árboles ponen en peligro la seguridad del ministro y ordena que sean arrancados. El hijo de Salma vive en Estados Unidos y sus hijas están lejos, pero la viuda decide luchar por sus árboles.
Se embarca en una travesía legal que la llevará hasta el Tribunal Supremo de Israel. Contrata a un joven letrado palestino, Ziad Daud (ALI SULIMAN), que se enfrentará a un auténtico ejército de abogados militares que disfrutan del apoyo del Gobierno. Ziad, 34 años, divorciado de una rusa a la que conoció mientras estudiaba Derecho en Moscú, se enamora de Salma. Pero su relación es complicada y peligrosa porque las viudas palestinas no pueden hacer lo que les apetece, y menos enamorarse, y menos aún de un hombre más joven.
Salma se da cuenta de que tiene la fuerza suficiente para seguir adelante a pesar de las presiones que soporta de ambos lados, el israelí y el palestino. Lucha por salvar los árboles que su padre plantó hace 50 años, árboles que se han nutrido de sangre, sudor y lágrimas, como toda la región. No permitirá que se corten para satisfacer un absurdo requisito de seguridad.
Del otro lado del campo de limoneros, Mira Navon (RONA LIPAZ-MICHAEL), la esposa del ministro, también vive un importante cambio. Después de ser la perfecta esposa durante muchos años, a pesar de tener una nueva casa y del nombramiento de su marido, no es feliz. Sabe que el tiempo pasa y empieza a estar convencida de que debe haber algo más en la vida. La lucha que lleva a cabo su nueva vecina, a la que no conoce, le obliga a ver a su marido bajo una nueva luz y, por primera vez, no reacciona como se espera.
Los Limoneros es una historia de luchas. La lucha por proteger lo que es de uno, la lucha por los principios, la humanidad, la tierra, la historia, los años de sangre, a través de la lucha de una mujer para salvar sus limoneros. Es una historia de soledad, la soledad de todas las personas en esta región y sus alrededores.